Il Consiglio, principale organo di governo dell'IUCN, è responsabile per la supervisione ed il controllo generale di tutte le questioni dell'IUCN ed è soggetto all'autorità del Congresso.

Il Consiglio è composto da un Presidente, un Tesoriere; 24 consiglieri regionali (tre consiglieri regionali in rappresentanza di ciascuna delle 8 regioni statutarie dell'IUCN); un rappresentante del paese ospitante; i presidenti delle 6 Commissioni; 5 consiglieri aggiuntivi scelti dal Consiglio sulla base delle diverse qualifiche, interessi e capacità. I membri eletti del Consiglio detengono l'incarico dalla chiusura del Congresso fino alla chiusura della sua successiva ordinaria sessione.

Tra le sue principali funzioni Il Consiglio: approva ed implementa il programma annuale ed il budget nell'ambito del quadro complessivo delle attività svolte dal Congresso; rivede il lavoro delle Commissioni; approva il rapporto annuale del Direttore Generale; ammette nuovi membri; riconosce ufficialmente le Commissioni Nazionali e Regionali; nomina e valuta il lavoro del Direttore Generale.

Al fine di agevolare i propri lavori il Consiglio ha costituito 5 nuove commissioni: Commissione Finanza e Audit, Commissione per le Risorse Umane, Commissione per la valutazione delle Adesioni, Commissione per le Programmazione e Policy, Commissione Preparatoria per il prossimo Congresso Mondiale.