Il Consiglio, principale organo di governo dell'IUCN, è responsabile per la supervisione ed il controllo generale di tutte le questioni dell'IUCN ed è soggetto all'autorità del Congresso.

Il Consiglio è composto da un Presidente, un Tesoriere; 24 consiglieri regionali (tre consiglieri regionali in rappresentanza di ciascuna delle 8 regioni statutarie dell'IUCN); un rappresentante del paese ospitante; i presidenti delle 6 Commissioni; 5 consiglieri aggiuntivi scelti dal Consiglio sulla base delle diverse qualifiche, interessi e capacità. I membri eletti del Consiglio detengono l'incarico dalla chiusura del Congresso fino alla chiusura della sua successiva ordinaria sessione.

Alla luce di questa organizzazione, ad oggi, la rappresentanza geografica è così caratterizzata: Presidente (Sud Africa); 1 Tesoriere (Svezia); 3 consiglieri regionali per l'Africa (Kenya, Senegal, Algeria); 3 consiglieri regionali per l'America centrale e sud-america (El Salvador, Brasile, Perù); 3 consiglieri regionali per l'America del Nord e Caraibi (Bahamas, Canada, USA); 3 consiglieri regionali per il Sud-est asiatico (Giappone, Cina, Tainlandia); 3 consiglieri regionali per l'Asia occidentale (Kuwait, Libano, Pakistan); 3 consiglieri regionali per l'Oceania (Fiji, Australia, Nuova Zelanda); 3 consiglieri regionali per l'Europa dell'Est, Asia centrale e del Nord (Estonia, Federazione Russa, Slovenia); 3 consiglieri regionali per l'Europa (Spagna, Regno Unito, Germania); 1 rappresentante del paese ospitante (Svizzera); 6 Presidenti di Commissioni: CEM (Zimbabwe), CEE (Brasile), CEESP (Iran), CEL (Paraguay), WCPA (Canada), SSC (USA).

Il Consiglio, nell'ambito del quadro della politica generale dell'Unione definita dal Congresso Mondiale, fornisce la direzione strategica per le attività dell'Unione prendendo specifiche decisioni politiche e stabilendone le direttive necessarie. Il Consiglio si riunisce due volte l'anno e spesso lavora, inter-sessionalmente, con il supporto delle Commissioni.

Tra le sue principali funzioni Il Consiglio: approva ed implementa il programma annuale ed il budget nell'ambito del quadro complessivo delle attività svolte dal Congresso; rivede il lavoro delle Commissioni; approva il rapporto annuale del Direttore Generale; ammette nuovi membri; riconosce ufficialmente le Commissioni Nazionali e Regionali; nomina e valuta il lavoro del Direttore Generale.

Al fine di agevolare i propri lavori il Consiglio ha costituito 5 nuove commissioni: Commissione Finanza e Audit, Commissione per le Risorse Umane, Commissione per la valutazione delle Adesioni, Commissione per le Programmazione e Policy, Commissione Preparatoria per il prossimo Congresso Mondiale.